La posibilidad de contaminaciòn es muy remota ya que el envase se sopla, se llena y se sella con una màquina sola, el proceso està protegido con la utilizaciòn de un flujo de aire estèril, y el medio de proceso (soluciòn, aire, ect.) ha sido filtrado de manera estèril. Hay que añadir que durante el ciclo completo el envase permanece abierto y expuesto al aire de la sala blanca por menos de un segundo y medio, la tecnologìa BFS se convierte en la elecciòn justa donde la contaminaciòn mediante partìculas es la primera preocupaciòn.

Flexibilidad en la elecciòn de materiales para el envasado
El acondicionamiento primario (o envase) protegen el contenido contra la contaminaciòn ambiental: microorganismos y partìculas materiales. El envase protege tambièn los principios activos y/o excipientes de la diseminaciòn, dàndole estabilidad al producto. Lo protege ademàs de la luz y puede actuar como barrera para preservar el contenido contra los gases ambientales.
Se debe tener ademàs en consideraciòn que los aditivos presentes en plàstico del envase pueden lixiviar en la soluciòn.
La Farmacopea ha fijado lìmites en el contenido de los aditivos en el plàstico para uso medicinal. Ésta ha enumerado tambièn los tipos de aditivos no aceptados en el material plàstico destinado a los envases para productos farmacèuticos.
Hoy en dìa, varios manufactureros lìderes producen Polipropileno y Polietileno de grado mèdico, aprobados para la producciòn de envases para intravenosos e inyectables.
Aùn cuando que el envase sea estèril despuès del proceso BFS, las GMP de algunos paìses y la Farmacopeia de paìses como U.S.A. y Europa imponen todavìa la esterilizaciòn final para aquellos productos (el contenido del envase) que pueden soportar la esterilizaciòn a vapor. De hecho, la Agencia Europea para la Evaluaciòn de las Medicinas (EMEA) extiende la recomendaciòn a los fabricantes a buscar materiales adecuados para el acondicionamiento que permitan la esterilizaciòn final a determinadas temperaturas dentro un determinado lapso de tiempo.
Debido a las consideraciones anteriores, en la industria farmacèutica una màquina BFS tiene la preferencia ya que posee la capacidad de procesar y producir envases de una amplia gama de materiales (polietileno de baja densidad, polietileno de alta densidad, polipropileno).