Il confezionamento asettico deve essere fatto con particolare cura dato che l’obiettivo è evitare la contaminazione microbiologica e particellare all'interno della soluzione. In un ambiente asettico di produzione la fonte maggiore di contaminazione è costituita dalla polvere generata dall'uomo, quindi è necessario che il personale presti molta attenzione, specie in prossimità di un contenitore aperto durante il riempimento, per mantenere bassi i livelli di contaminazione.